Az ország három részre szakadása után a Várdai família a Habsburgok mellé állt, és katolikus maradt. Ez önmagában elegendő ok volt ahhoz, hogy az erdélyi fejedelem seregei háromszor is megjelenjenek a vár falai előtt – 1558–59 telén és 1564-ben.

A támadók névsorát olvasva könnyű megszédülni: Balassa Menyhért, Báthory István – a későbbi lengyel király – és személy szerint János Zsigmond erdélyi fejedelem. Mégis mindhárom ostrom sikertelen maradt. A magyarázat egyszerű: Kassán állomásozott a királyi felső-magyarországi kapitányság, és minden alkalommal időben megérkezett a felmentő sereg.

„A vár csak télen volt igazán sebezhető – amikor befagyott a körülötte csillogó mocsár.”

Az 1558–59-es ostrom különös epizódot hagyott az utókorra. Az erdélyi csapatok a falu román katolikus templomában rendezkedtek be. A vár védői hajítógépekkel válaszoltak: saját templomuk hajórészét rombolták le, csakhogy az ellenséget kifüstöljék. Az épület töredékei ma a vár kőtárában láthatók.

Az ostromok után a bécsi haditanács maga finanszírozta a vár korszerűsítését. Olasz tervek és olasz mérnökök közreműködésével az 1570-es és 1580-as évekre egy új, szögletes olaszbástya-rendszer épült ki. Ez a módszer utólag szükségesnek bizonyult: Kisvárda falait soha többé nem ostromolták.

Az erőd közel másfél évszázaddal később, 1703 nyarán még egyszer a figyelem középpontjába került – immár II. Rákóczi Ferenc szabadságharcának hajnalán. A szabolcsi nemesség a várba menekült a közeledő fejedelem elől, ám Rákóczi nem akarta véres ostrommal kezdeni a nemzeti felkelést. Körülzárta a várat, némi lövöldözés zajlott, majd 1703. július 20-án elvonult.